Automates strain identification by parsing sequencing files, performing NCBI BLAST alignment, generating DingTalk table data, and creating Word identificatio...
# Strain Identification BLAST Skill
菌种鉴定自动化工具:解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告
## 功能
- 支持解析 `.seq` / `.fasta` 格式的测序文件
- 自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对
- 生成可直接填入钉钉表格的结构化结果
- 基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告
## 使用方法
触发指令示例:
> 处理测序文件 [文件路径],使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告,并输出钉钉表格数据
## 参数说明
| 参数名 | 类型 | 描述 |
|--------|------|------|
| file_path | string | 测序文件(.seq/.fasta)的本地路径 |
| report_template | string | Word 报告模板的本地路径 |
## 依赖
- biopython>=1.81
- python-docx>=0.8.11
- requests>=2.31.0
## 注意事项
1. 测序文件建议命名为「样品编号.seq」,便于自动提取样品ID
2. Word 模板中需使用变量标识:`{样品编号}`、`{鉴定菌种}`、`{相似度}`、`{覆盖度}`、`{登录号}`、`{鉴定时间}`、`{鉴定结论}`
3. 依赖会在 Skill 安装时自动下载,无需手动安装don't have the plugin yet? install it then click "run inline in claude" again.