strain identification

SKILL.md

# Strain Identification BLAST Skill
菌种鉴定自动化工具：解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告

## 功能
- 支持解析 `.seq` / `.fasta` 格式的测序文件
- 自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对
- 生成可直接填入钉钉表格的结构化结果
- 基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告

## 使用方法
触发指令示例：
> 处理测序文件 [文件路径]，使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告，并输出钉钉表格数据

## 参数说明
| 参数名 | 类型 | 描述 |
|--------|------|------|
| file_path | string | 测序文件（.seq/.fasta）的本地路径 |
| report_template | string | Word 报告模板的本地路径 |

## 依赖
- biopython>=1.81
- python-docx>=0.8.11
- requests>=2.31.0

## 注意事项
1. 测序文件建议命名为「样品编号.seq」，便于自动提取样品ID
2. Word 模板中需使用变量标识：`{样品编号}`、`{鉴定菌种}`、`{相似度}`、`{覆盖度}`、`{登录号}`、`{鉴定时间}`、`{鉴定结论}`
3. 依赖会在 Skill 安装时自动下载，无需手动安装